清算期間が１か月を超える場合のフレックスタイム制については、時間外労働の上限規制（労基法36⑥2）は、清算期間を１か月ごとに区分した各期間について、当該各期間（最終の期間を除く。）を平均して１週間当たり 50 時間を超えて労働させた時間に対して適用されます。
また、清算期間を１か月ごとに区分した各期間の最終の期間については、当該最終の期間を平均して１週間当たり 50 時間を超えて労働させた時間に加えて、「当該清算期間における総実労働時間から、①当該清算期間の法定労働時間の総枠及び②当該清算期間中のその他の期間において時間外労働として取り扱った時間を控除した時間」が時間外労働時間として算定されるもので、この時間について時間外労働の上限規制（労基法36⑥2・3）が適用されます。